El 13 de Julio de 1991, durante el Festival Polifonía, la comunidad de Santa María Tlahuitoltepec presenta la Bandera Mixe.

Quienes vivimos en los pueblos mixes, reconocemos a la Bandera y Escudo Mixe como parte de nuestra estructura social y cultural que se va transmitiendo de generación en generación a través de nuestras costumbres y tradiciones como Pueblo Ayuujk (Mixe). Representa la historia de los pueblos originarios, hombres y mujeres asumen la responsabilidad y dan continuidad a las ideas y pensamientos, reconociendo la diversidad cultural que existe entre nuestros pueblos, apreciando la existencia de nuestra lengua Mixe y sus variantes de acuerdo con la región en la que nos encontremos en la Sierra Mixe: Alta, Media y Baja; nuestra gente, tiene diferentes modos de vida estructural y económica con relación a las características climatológicas y la riqueza de los recursos naturales.

La Bandera Mixe, en sus colores verde, guinda y amarillo, están representadas las tres regiones en las que se divide la Sierra Mixe.

Alta: representada en color verde por las cimas de sus montañas y los veinte picos del cerro Cempoaltépetl, majestuoso, misterioso y sagrado, lugar donde nuestra gente rinde culto a la Madre Tierra, en la cima es donde se va y se pide perdón al creador, se pide salud, dinero y amor, así como para agradecer de corazón con una ofrenda.

Media: representada en color guinda, en donde se produce el café cuyos frutos maduros toman este color agradable.

Baja: representada en color amarillo, por la productividad y fertilidad de sus tierras.

Al centro está la Madre Tierra constituida en un óvalo que contiene la efigie de Konk Ëy y a su hermana la serpiente. Contiene al Cempoaltépetl y la inscripción Kamapytï, además de un arco y cinco flechas que representa los 500 años de resistencia desde la llegada de los conquistadores.

El CECAM, al ser una institución educativa musical indígena y comunitaria, en diferentes eventos y ceremonias, a través de su personal y alumnado en general, rinden honores a la Bandera Mixe entonando el Himno a Kong Ëy (Condoy) acompañada de la Banda Filarmónica.